陈宝应,福建候官(今福州)人,生年不详。其家本是闽中土著世家大姓。南朝梁时,晋安郡经常爆发土著大姓反对官府的武装斗争,其郡将、长吏,累次被杀。陈宝应之父陈羽本是郡中豪强,颇有才干,经常从中谋划,扩充势力,后又投靠官军,消灭各大姓势力,从而掌握晋安郡的兵权。梁太清二年(548年),梁将领侯景发动叛乱,直攻建业(今江苏南京),各地豪族乘乱而起,割据一方。梁大宝元年(550年),陈羽以武力逼走晋安太守宾化侯萧云,自主郡政,因年老,命陈宝应典兵。当时,江浙东境闹饥荒,会稽尤甚,饿死者十占七八,饥民多卖身求活。时晋安丰收,陈宝应乘机发兵,从海道攻占临安、永嘉、会稽、余姚、诸暨等地。又运去大量谷米,取回大量玉帛、人口,江浙间能驾驭舟车者也多投归闽中。陈氏由此资财大增、兵多将广,晋安的势力一时强盛。大宝二年(551年),梁朝平定侯景之乱,承认陈羽、陈宝应割据闽中的事实,任陈羽为晋安太守。绍泰元年(555年),陈霸先攫取梁朝的辅政大权,陈羽请归老,求以郡政传给陈宝应,获准;陈宝应因被授为壮武将军、晋安太守。绍泰二年(556年),加封候官县侯,食邑五百户。这时陆路兵乱不通,陈宝应乃从海道至会稽上贡。梁太平二年(557年),陈霸先取梁敬帝萧方智而代之,国号陈,改元永定。同年置闽州,辖建安、晋安二郡,授陈宝应持节散骑常侍、信武将军、闽州刺史领会稽太守。陈天嘉元年(560年),陈文帝继位,为笼络地方割据集团,进陈宝应为宣毅将军,加陈羽光禄大夫,并把陈氏一族编入宗室籍,其子女不论大小皆封爵。
陈宝应为巩固对闽中的统治,与割据浙、赣的留异、周迪结成联盟,并娶留异女为妻。永定三年(559年),陈朝开始实行消灭地方割据势力的政策。先是派萧乾为建安太守,想从闽江上游削弱陈宝应的势力,但因陈宝应阻挠,萧乾无法到任。至天嘉三年(562年),陈朝派遣司空侯安都领军攻浙江留异,陈宝应出兵支援,不敌,留异父子奔福州投陈宝应。同年,陈朝又派江州刺史吴明彻率军攻江西周迪,陈宝应也出兵、粮资助周迪。天嘉四年(563年)正月,周迪兵败,单身越岭,亦奔福州投附陈宝应。文帝盛怒之下,取消陈宝应的宗室属籍,发兵讨伐。派都督章昭达军由陆路、益州刺史领信义太守余孝顷军由海道,两路夹攻闽地。陈宝应率军据建安湖漈,结水栅山寨以阻陈军前进。天嘉五年(564年),章昭达命军伐木结筏,乘溪水涨急时流放之,冲破陈宝应兵寨水栅,而后水陆急攻,适余孝顷率海路军至,陈宝应兵大败,率其子南逃,至莆田被俘。陈宝应及全家子弟20人被押送建康(今南京)斩首。