福建，在周朝为七闽地，春秋以后为闽越地。秦置闽中郡，中央政权始达于福建。汉初为闽越国疆域，闽越北迁之后，自汉始元二年(前85年)汉承认冶县、置东部都尉开始，中经东部都尉从冶县迁到章安(回浦)，留下候官管理冶县，到设立南部都尉，再到建安十二年(207年)正式成立建安郡止，福建都在王朝军事管制之下。
三国时属吴国，设建安郡，辖建安、南平、将乐、建平(建阳)、东平(松溪)、昭武、吴兴(浦城)以及候官、东安(南安、同安)共9县。
西晋太康三年(282年)，析建安郡为建安、晋安两郡，到梁天监年间(502～519年)，又从晋安郡分出一个南安郡，辖兴化、泉、漳等地。自晋宋至齐梁，福建初属于扬州，至普通六年(525年)，福建属下的建安、晋安、南安三郡又归东扬州管辖。陈朝永定时(557～559年)，陈武帝为羁縻陈宝应而设"闽州"，这是福建历史上第一个省级建制。州治设在晋安(今福州)，下领建、晋、南三郡。天嘉六年(565年)，闽州罢，还属东扬州。
隋大业三年(607年)，把建安、晋安、南安三郡合并为一，称建安郡；原设置的15个县裁并为四(即闽县、建安、南安、龙溪)。郡治由建安(建瓯)移至闽县。
唐武德初年，设泉、建、丰三州，下辖10县。州数和县数均为隋代的二至三倍。唐景云二年(711年)，立闽州都督府，领有闽、建、泉、漳、潮五州。开元十三年(725年)，闽州都督府改称福州都督府，为福州名称出现之始。开元二十一年(733年)，为加强边防武装力量，设立军事长官经略使。从福州、建州各取一字，名为福建经略军使，与福州都督府并存。这是福建名称出现之始。福建经略使开始时专管军事，后来发展为福建观察使、福建节度使，统管福建全省军事、民政、财政，取代道一级，成为地方最高长官。都督府虽然尚存，实际已无权力。唐末，由节度使领福州、建州、泉州、漳州、汀州，属江南东道。5州计24县，其中，望县1个，紧县3个，上县7个，中县2个，下县11个。此外，还有9场、3镇，为以后县的增设准备条件。
五代十国时期，福建先后为闽、殷、南唐、吴越各国所据，区划名称几经变迁。后唐长兴四年(933年)，王延钧称帝，国号大闽，改元龙启，升福州为长乐府，称东都，领福、泉、建、汀、漳五州。
北宋时期，置福建路，行政区划为福、建、泉、漳、汀、南剑六州及邵武、兴化二军。南宋孝宗时升建州为建宁府。福建路因此包括一府五州二军；府、州、军实际是同一级行政机构，共计8个，故福建号称"八闽"。这时，福建全省有42个县，成为东南全盛之邦。宋景炎元年(1276年)，元军攻破宋都临安(今杭州)，宋帝赵显被俘。益王赵昰、广王赵昞逃到福州，陆秀夫、陈宜中等拥立赵昰在福州即位，改元景炎，升福州为福安府，定为行都，力图恢复宋室江山。后因王积翁叛变，南剑州失守，福州被元兵攻破，帝昰由朝臣拥戴渡海去广东。
元至元十七年(1280年)，在福建境内同时设立福州、泉州2个行省。嗣后撤复不定。元代中叶，全国分为11个行省，福建境内设8个路，归江浙行中书省管辖。直到至正十六年(1356年)恢复福建省。
明朝洪武元年(1368年)，福建全省八路改为福州、建宁、延平、邵武、兴化、泉州、漳州、汀州八府。成化九年(1473年)，恢复被废为县的福宁州，直隶于布政司。终明一代，福建设八府一州。清顺治二年(1645年)五月，清兵攻下南京，南明弘光皇帝朱由崧被俘杀。郑鸿逵、苏观生等迎唐王朱聿键来闽。六月，朱聿键在福州即皇帝位，建元隆武，改福建为福京、福州为天兴府。翌年，隆武政权覆灭。
清代，福建区划继承明制。省下辖有福州、兴化、泉州、漳州、延平、建宁、邵武、汀州八府及福宁州。顺治十三年(1656年)，郑成功改厦门为"思明州"。康熙元年(1662年)，郑成功驱逐荷兰殖民者后，改台湾为东都，设承天府，置天兴、万年两县，又在澎湖设安抚司。郑经治理台湾时，把东都改名东宁，升天兴、万年两县为州。康熙二十三年(1684年)，清廷统一台湾后增设台湾府，属福建统辖，下设三县一厅。雍正二年(1724年)，升福宁州为福宁府；十二年(1734年)，升永春、龙岩两县为直隶州。光绪十一年(1885年)，台湾府单独设省。到清末统计，福建省共设有9府、2州、58县、2厅。省与府之间还设4个分道作为派出机构：宁福道驻福州，辖福州府、福宁府；兴泉永道驻厦门，辖兴化府、泉州府、永春州；汀漳龙道驻漳州，辖汀州府、漳州府、龙岩州；延建邵道驻南平，辖延平府、建宁府、邵武府。
此外，清代在福建设置闽浙总督(驻福州或杭州)和福建巡抚。督、抚原属临时设置，可是后来迄未取消。由于督、抚权力很大，成为全省最高军事、民政长官，原来正式的省一级长官--布政使、按察使，反成属官。另外，清朝还设置管领满洲驻防旗兵的镇守将军，原和地方行政无关，却兼管海关和粮储道、盐法道，遂也成省级官员。
辛亥革命后，历届中央政权均置福建省。民国2年(1913年)，废除府、州制度，分设东、南、西、北四路观察使。民国3～16年(1914～1927年)改设闽海、厦门、汀漳、建安4个道；合并闽县、侯官为闽侯县，建安、瓯宁为建瓯县；改永春州、龙岩州为永春县、龙岩县；废除厅制，改平潭、云霄为县；析出同安县的厦门岛成立思明县。经过改革，全省计有4道、61县，仍然是省、道、县三级建制。民国23年(1934年)末，废除道的制度，成为省、县两级制；设10个行政督察专员区，分别驻长乐、福安、南平、仙游、同安、漳浦、龙岩、长汀、邵武、浦城等地。这是福建划分专区的开始。经过一段试行，又改划为7个行政督察区。在这前后，对县、市也作了调整。民国17年(1928年)，从龙溪县划出华安县；民国22年(1933年)，改思明县为厦门市；1934年，把光泽县划给江西省(1949年划回)；民国29年(1940年)，从沙县、明溪、永安县各划出一部分设立三元县，从建瓯划出一部分设水吉县；民国34年(1945年)，柘洋(原属霞浦)、周墩(原属宁德)两个特种区改建柘荣、周宁二县；民国35年(1946年)，把闽侯县的鼓楼、南台、仓山等地划出设立福州市。这样，从民国35年(1946年)至1949年解放前夕，全省共分7个行政督察区、2市、67县。中华人民共和国成立后，福建省人民政府驻福州市，直辖福州、厦门2市，分设8个专区、67县。
1949年8月24日，福建省人民政府成立，全省行政区划调整为2个省辖市、8个行政督察专区、67个县（含金门县）。
1950年，8个专区依次更名为建瓯、南平、福安、闽侯、泉州、漳州、永安、龙岩专区；泉州专区更名为晋江专区，漳州专区更名为龙溪专区，建瓯专区更名为建阳专区；德化县由永安专区划归晋江专区；林森县复名为闽侯县；设立泉州市、漳州市（县级）。
1951年，福州市设立鼓楼、大根、小桥、台江、仓山、水上、盖山、鼓山、洪山9个区。1952年福州市设立新店区；厦门市设立开元、思明、鼓浪屿3个区。1954年厦门市设立禾山区。1955年撤销福州市盖山、鼓山、洪山、新店4个区。1956年，撤销建阳、闽侯、永安3个专区和水吉、宁洋、柘荣3个县以及福州市大根、小桥、水上3个区；三元、明溪2个县合并为三明县；设立南平市（县级）；闽侯县划归省直辖。变更后，全省共辖5个专区、2个地级市、3个县级市、63个县、7个市辖区。
1958年，撤销厦门市禾山区，闽侯县划归福州市，同安县划归厦门市。1959年恢复闽侯专区，辖闽侯、闽清、长乐、连江、永泰、福清、平潭7个县，专署驻闽侯县。松溪、政和2县划归福安专区。1960年设立三明市（地级），以三明县城为三明市行政区域，三明县归三明市管辖；清流、宁化2县合并设立清宁县，松溪、政和2县合并设立松政县，龙溪、海澄2县合并设立龙海县；撤销南平县并入南平市；福州市设立马尾区。1961年恢复柘荣县；撤销清宁县，恢复清流县、宁化县。1962年撤销松政县，恢复松溪县和政和县；连江县、罗源县分别从闽侯专区和福安专区划归福州市；龙岩专区的永安、清流、宁化3县划归三明市。1963年设立三明专区，三明市改为县级市，三明专区辖三明市和三明、永安、清流、宁化4个县；福州市撤销马尾区；连江、罗源、古田、屏南4县划归闽侯专区；晋江专区的大田县划归三明专区；福州市撤销马尾区。1964年从南平市、建瓯县、顺昌县析出建西县，三明县更名为明溪县。至1965年全省共辖7个专区、2个地级市、4个县级市、63个县、6个市辖区。
1966年厦门市开元区更名为东风区，思明区更名为向阳区。1968年福州市鼓楼区更名为红卫区，台江区更名为赤卫区，仓山区更名为朝阳区；福州市、厦门市均设立郊区。1970年撤销建西县并入顺昌县；撤销柘荣县，并入福安、福鼎2县；撤销松溪、政和2县，合并设立松政县；福州市撤销郊区，设立马江区和北峰区；福安专区的松政县划归南平专区；闽侯专区的古田、屏南、连江、罗源4个县划归福安专区；晋江专区的莆田、仙游2个县划归闽侯专区；厦门市的同安县划归晋江专区；南平专区的尤溪、沙县、将乐、泰宁、建宁5个县划归三明专区；南平专区驻地由南平市迁驻建阳县；福安专区驻地由福安县迁驻宁德县。1971年各专区更名为地区；南平地区更名为建阳地区；福安地区更名为宁德地区；闽侯地区更名为莆田地区。1973年莆田地区的闽侯县划归福州市；晋江地区的同安县划归厦门市。1974年恢复柘荣县；撤销松政县，设立松溪县和政和县。1975年福州市撤销北峰区设立郊区。
1978年厦门市设立杏林区；福州市设立环城区，撤销马江区；福州市红卫、赤卫、朝阳3个区分别更名为鼓楼区、台江区、仓山区。1979年厦门市东风、向阳2区分别更名为开元区和思明区。1981年撤销龙岩县，设立龙岩市（县级）。1982年福州市设立马尾区，撤销环城区。1983年撤销三明地区，设立三明市（地级），三明市设立梅列区和三元区；撤销莆田地区，所属闽清、永泰、长乐、福清、平潭5个县划归福州市，莆田、仙游2个县划归晋江地区；撤销邵武县，设立邵武市（县级）；设立莆田市（地级），莆田市设立城厢区和涵江区，辖晋江地区的莆田、仙游2个县；宁德地区的连江、罗源2个县划归福州市。1984年撤销永安县，设立永安市（县级）。1985年撤销晋江地区，设立泉州市（地级），泉州市设立鲤城区；撤销龙溪地区，设立漳州市（地级），漳州市设立芗城区。1987年厦门市设立湖里区，郊区更名为集美区；晋江县析出石狮市。1988年建阳地区驻地迁驻南平市，并更名为南平地区；撤销宁德县，设立宁德市。1989年撤销崇安县，设立武夷山市（县级）；撤销福安县，设立福安市（县级）。
1990年撤销福清县，设立福清市（县级）；撤销漳平县，设立漳平市（县级）。1992年撤销晋江县，设立晋江市（县级），撤销建瓯县，设立建瓯市（县级）。1993年撤销南安县，设立南安市（县级）；撤销龙海县，设立龙海市（县级）。1994年撤销南平地区，设立南平市（地级），原县级南平市改设延平区；撤销长乐县，设立长乐市（县级）；撤销建阳县，设立建阳市（县级）。1995年福州市调整五个市辖区，同时将郊区更名为晋安区；撤销福鼎县，设立福鼎市（县级）。1996年撤销同安县，设立厦门市同安区；漳州市设立龙文区；撤销龙岩地区，设立龙岩市（地级），原县级龙岩市改设新罗区。1997年泉州市设立丰泽区和洛江区。1999年撤销宁德地区，设立宁德市（地级），原宁德市改设蕉城区。2000年泉州市设立泉港区。
2003年,厦门市进行了行政区划调整，将原来的七个行政区，调整为六个行政区。新设翔安区；局部调整集美区；将杏林区更名为海沧区；将鼓浪屿区、思明区和开元区合并成新的思明区；同时保留现有的同安区和湖里区。